Francisco Nunes Varela foi o mais importante pintor com atividade em Évora e em toda a província Alentejana durante a segunda metade do século XVII. Era filho do pintor Pedro Nunes, neto do pintor Manuel Fernandes e irmão dos pintores Lourenço Nunes Varela e Soror Josefa Maria dos Anjos. Foi Familiar do Santo Ofício por habilitação de 1656, após prova de limpeza de sangue. Atingiu o grau de Irmão de primeira condição da Santa Casa da Misericórdia, grau privilegiado atribuível aos nobres ou a destacados membros da burguesia. Em 1662 ingressa na Mesa da Santa Casa da Misericórdia de Évora e em 1666 é referido como seu mordomo. Pertenceu à irmandade de S. Nicolau de Tolentino, sediada na Igreja do convento de Nossa Senhora da Graça.
Frequentou a Irmandade de S. Lucas em Lisboa. Estabeleceu a sua oficina na Rua dos Infantes, em Évora, onde se formaram os pintores António dos Santos (1674) Simão Fernandes (1677) e António Pereira (1678), pintores cuja atividade artística se desconhece.
A mulher do pintor, Antónia de Matos, foi enterrada em 1690. Em março de 1699 morreu Francisco Nunes Varela, na altura alcaide dos carceres do Santo Ofício, e foi sepultado na igreja de S. Francisco, na tumba da Irmandade.
Alcaide dos Cáceres; Familiar do Santo Ofício; Irmão da Misericórdia de Évora; Pintor a Óleo; Dourado; Brutesco.
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ANTT, Livro de Provisão e Contas da Inquisição de Évora de 1694 s/nº fls. Documento revelado pelo Professor Vítor Serrão.
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Fialho, P. Manuel (1703). Évora Illustrada. Tomo II, 2ª Parte, capítulo XLI