Francisco João era filho de Domingos Filipe, mercador, que fora livreiro, e de Catarina de Castilho. Moravam na Praça, e seu irmão, João Filipe, continuou a atividade do pai enquanto livreiro; morava na Rua Ancha. Francisco João casou com Catarina Coelha e moravam à Porta Nova. Em fevereiro de 1566 foi batizado em Santo Antão António, filho do casal, em outubro de 1567 Miguel, também em santo Antão; em março de 1570, na mesma igreja, foi o batismo de sua filha Ana; em 1572, foi batizado na Sé de Évora seu filho Brás, em 1575 foi o batismo do seu filho Luís e em 1578 o de sua filha Isabel.
Francisco João foi fiador de um contrato de dote de sua irmã Catarina, quando esta ingressou no convento de Santa Catarina, sendo que a sua situação económico-social desafogada fica demonstrada pela propriedade de escravos; efetivamente, em 1588, foi batizado Pedro, um seu escravo. Em 1582 Francisco João foi o testamentário do cunhado, Vasco Fernandes, filho de Ana Fernandes e de Brás Pires, que lhe devia 30.000 réis.. A família da mulher era originária do Vimieiro. No ano seguinte, em 1583, foi também herdeiro e testamenteiro da sogra.
O pintor participa ainda, como padrinho ou como testemunha, em diversos contratos na cidade. Logo em 1556, Francisco João foi padrinho de Maria, filha do pintor Fernando Simões (para Túlio Espanca, os pintores eram colegas). Em 1563, foi padrinho de batismo de Isabel, filha de Domingos Rodrigues e de Maria Fernandes, em 1570 de Maria, filha de João Fernandes e Antónia Coelha, em 1572 do filho de Pedro Rodrigues e de Catarina Dias; em 1580, de António, filho de Salvador Calado e de Isabel Tarriga; em 1591 de Maria, filha de Diogo Nobre e de Isabel Rodrigues. Em 1586, foi testemunha no baptismo do filho de João Amado e de Isabel Rodrigues; em 1591, a referência ao seu nome surge quando sua mulher, Catarina Coelho, é madrinha de um filho de Miguel Ramalho e de Leonor Luís. Foi testemunha de diversos casamentos (em 1566, do casamento de Manuel do Vale com Margarida Godinho; em 1568, de Pero Fernandes com Domingas Gomes; em 1574, de André Dias com Inês Fernandes; em 1575, de Manuel Afonso com Isabel Lourenço; em 1577, de Luís Pires com Guiomar Carvalho; em 1585 de Manuel Coelho com Jerónima do Vale).
Francisco João foi Irmão e eleitor da Misericórdia de Évora nos anos de 1567, 1573, 1574, 1582, 1583, 1584, 1586, 1588, 1590, 1592. Em 1583 e no ano seguinte como seu mordomo; a situação mantinha-se em 1593, num enterro pela Santa Casa da Misericórdia de Évora, sendo apresentado como seu mordomo. Na década de 90, o pintor arrendou uma herdade da Misericórdia de Évora, e em 1593 (c.) comprou umas casas, antes foreiras a Santiago. As casas eram na rua Roque d’Almada (anterior designação: rua Maria Mateus).
Em termos de obra artística, em 1579 assinou um contrato para a realização de um retábulo para uma capela que uma viúva tinha no Convento de S. Francisco de Montemor-o-Novo por preço de 40.000 réis. Em 1592 o pintor Francisco João assinou um contrato com as religiosas de Santa Clara para a realização de um retábulo para o altar- mor. Em 1594, com Álvaro Fernandes, estabeleceu contrato para a realização de um retábulo para o Convento do Calvário.
Morreu em 1595, figurando entre os defuntos da Misericórdia de Évora como Irmão da Casa. Dois anos depois, em 1597, foi a enterrar a mulher do pintor, Catarina Coelho.
Porta Nova; Praça Grande; Mordomo; Santa Casa da Misericórdia de Évora; Escravo; Convento de Santa Clara; Convento do Calvário; Vimieiro.
ESPANCA, Túlio. (1947). Notas Sobre Pintores em Évora nos Séculos XVI e XVIII. A Cidade de Évora. Évora: Câmara Municipal de Évora. Ano V, Nº 13-14, pp. 146-148; 191-195.
Espanca, Túlio. (1955-1956). A obra do pintor Francico João. A Cidade de Évora. Évora: Câmara Municipal de Évora. Ano XII-XIII, Nº 37-38 pág.191.
ADE, Livro dos Defuntos da Misericórdia (1582-95), fl.183. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro dos Defuntos da Misericórdia (1582-95), fl.211 v.º. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Defuntos da Misericórdia. Receita e Despesa (1582-95), fl.18 v.º. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Defuntos da Misericórdia. Receita e Despeza (1582-95), fl.25. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Defuntos da Misericórdia (1595-1065), fl.56 v.º. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Casamentos da Sé, 51, fl.74 e 74 v.º. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Casamentos da Sé, 51, fl.84. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Baptizados de Santo Antão, 8, fl.49 v.º. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Baptizados da Sé, 6, fl.43 v.º. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Baptizados da Sé, 8, fl.111. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Baptizados da Sé, 10, fl.54 v.º. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Baptizados da Sé, 11, fl.109. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Casamentos de Santo Antão, (1566-89), 37, fl.9. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Baptizados de S. Pedro, 2, fl.16(?).Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Baptizados de Santo Antão, 6, fl. 205. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Casamentos da Sé, 51, fl.105 v.º. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Baptizados de Santo Antão, 5, fl. 120v. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Baptizados de Santo Antão, 6, fl.284 v.º. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Casamentos da Sé, 51, fl.167. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Baptizados de Santo Antão, 8, fl. 84. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Baptizados da Sé, 9, fl. 56. Publicado por Túlio Espanca.
ADE, Livro de Casamentos de Santo Antão, (1566-89), 37, fl.30 v.º. Publicado por Túlio Espanca.
Arquivo da família Barreto de Carvalho (Vilas Boas), Notícias Genealógicas, caderno I, fl.13. Publicado por Túlio Espanca.
Arquivo da família Barreto de Carvalho (Vilas Boas), Notícias Genealógicas, caderno I, fl.14v.. Publicado por Túlio Espanca.
Arquivo da família Barreto de Carvalho (Vilas Boas), Notícias Genealógicas, caderno I, fl.15v.. Publicado por Túlio Espanca.
Arquivo da família Barreto de Carvalho (Vilas Boas), Notícias Genealógicas, caderno I, fls. 16v., 17. Publicado por Túlio Espanca.
Arquivo da família Barreto de Carvalho (Vilas Boas), Notícias Genealógicas, caderno I, fls. fl.31 vº e 32. Publicado por Túlio Espanca.
Arquivo da família Barreto de Carvalho (Vilas Boas), Notícias Genealógicas, caderno I, fls.28v.-30v. Publicado por Túlio Espanca.